在马来半岛、沙巴与砂拉越均有考古遗留出土。 ^[2]  人类在这个区域栖息的最古老证据可追溯到距今4000年前，发掘了旧石器时代早期文化-坦彭文化，旧石器时代晚期文化-巴基特·椿平遗址等，这些旧石器时代猎人可能是塞芒人的祖先，这个矮黑人群体在马来半岛具有极深的渊源。 ^[3-4]  

在距今1万年前起始，东南亚由旧石器时代向新石器时代过渡，在距今5000年以前的新石器时代，中国南方属于百越民族的族群不断迁徙入中南半岛，公元前第2个千年期间，青铜器在东南亚北部地区普遍出现，铁器也在公元前500年以后大量使用。 ^[5] 

瑟诺伊人似乎是个复合群体，有一半的母系DNA谱系来自塞芒人，另有一半来自晚近从中南半岛迁来的祖先。学者主张他们是早期南岛语族农耕者的后代，大约在距今4000年前，将语言与技术带到半岛南部。他们与塞芒人结合起来并混血。

原生马来人具有较多样的源头。即使他们显示某些与海洋东南亚的关连，有些人具有来自中南半岛的祖先，约在距今2000年前的最晚近的冰期高峰。某些人类学家支持原生马来人源自今天中国云南的说法。在全新世早期，经由马来半岛往马来群岛的人口扩散。大约在公元前300年，原生马来人遭到次生马来人推往内陆。次生马来人是铁器时代或青铜时代的人群，其祖源部分来自柬埔寨与越南的占族。这些次生马来人是半岛上第一个使用铁器的人群，是马来西亚马来人的直接祖先。

印度文明对马来群岛的影响，至少可追溯至公元前3世纪。古代印度人称马来半岛为黄金半岛（梵文：Suvarnadvipa）。在托勒密的世界地图上，也称马来半岛为黄金半岛（拉丁语：Golden Chersonese），马六甲海峡则称为象牙海湾（拉丁语：Sinus Sabaricus）。印度商人来到马来群岛购买丰富的森林和海洋产品，并与和当时来到这里的华人商人进行贸易往来。华人与印度人在2世纪与3世纪在此区域建立许多贸易港与城镇，依据中国史料记载，数量多达30个。在公元的最初几个世纪，马来半岛的人们信仰佛教和印度教等等的印度宗教，并采用梵语做为书写文字。1世纪时佛教和印度教均在马来半岛立足，并从这里传布到整个群岛。

伊斯兰教经由印度传到马来群岛，受苏非主义的神秘传统所影响，并吸收某些马来人的原始泛灵论和印度教传统。从公元1世纪到公元15世纪初，马来半岛南部地区尚无统一国家出现。据中国史籍记载，公元1至7世纪，在马来半岛南部出现了第一批具有王权特征邦国，如狼牙修、揭茶、丹丹等。 ^[6-7]  

已知最早在现今马来西亚地区立基的王国是古代帝国狼牙脩，位于马来半岛北方的珍尼湖附近。与位于柬埔寨的扶南有着紧密关联，扶南统治马来西亚北部直到6世纪为止。依据《马来纪年》记载，高棉帝国王子Raja Ganji Sarjuna在7世纪于现今霹雳州木威（Beruas）创立刚迦王国。5世纪的中国史书提到南方的一座大港Guantoli，位于马六甲海峡之中。在7世纪，史书记载有一个新港口名为“室利佛逝”（Shilifoshi），据信这是当时唐朝对三佛齐的称号。

7世纪中叶，苏门答腊岛上的室利佛逝国（三佛齐帝国）兴起，其势力包括了马来半岛南部的大部领土。7世纪到13世纪之间，马来半岛的许多地区由三佛齐帝国所统治。 ^[8]  三佛齐的国王统治着一个由苏门达腊的滨海地区、马来半岛和婆罗洲所组成的、松散的海上王国达700年。其中有部分时间，三佛齐也控制爪哇岛部分地区，不过爪哇岛上的各个小王国始终抗拒三佛齐的霸权统治。三佛齐是一个商业国家，欢迎每年一度来自中国和印度的船队到这里来做生意，有时甚至有从日本、阿拉伯和伊朗的船只到达。暹罗多次试图从北部征服三佛齐。为了与中国结盟以对抗这些敌人，三佛齐向中国皇帝进贡，但从未受中国统治。 ^[9-10]  于婆罗洲由渤泥国统治。

在1025年与1026年，刚迦王国遭到古淡米尔国朱罗王朝皇帝Rajendra Chola I攻打，使得三佛齐的第一个都城哥打格兰基因而荒废。朱罗王朝的入侵减损了三佛齐的威望，三佛齐曾将其影响力施展到吉打、北大年，远至单马令。

2世纪的一首淡米尔文诗Pattinapalai，描写来自吉打的货物堆积在朱罗王朝首都的景象。7世纪的一出梵文戏剧Kaumudhimahotsva，将吉打称为卡达哈州（Kataha-nagari）。Agnipurana也提及卡达哈的领地以一座高峰为边界，学者相信这就是吉打的日莱峰。来自Katasaritasagaram的故事描写卡达哈的高贵生活。不久之后，信奉佛教的单马令王国控制了吉打。在11世纪，单马令国王Chandrabhanu利用吉打做为攻打斯里兰卡的基地，这个事件记录在泰米尔纳德邦Nagapattinum的石碑，以及斯里兰卡的编年史《大史》。

从10世纪之后，三佛齐的势力开始减弱。三佛齐从来不是一个中央集权国家，10世纪中叶，它与爪哇的一系列战争显然削弱其商业发展，并导致国力衰敝。在11世纪，末罗瑜开始与三佛齐对抗。与此同时，伊斯兰教的普及也削弱了信印度教的三佛齐国王的势力。最早皈依伊斯兰教的地区如亚奇脱离了三佛齐的统治。13世纪末，暹罗的素可泰王国控制了马来半岛大部分地区。14世纪，爪哇的满者伯夷帝国控制马来半岛，成为其属地之一。但直到14世纪三佛齐依然控制着它最富饶的部分，所生产的香木、海产品、金、锡、香料、腊和果干在中国和在西方均非常畅销。

马六甲王国是历史上第一个也是唯一一个统一马来亚地区的王国。约1400年（一说1402年），被满者伯夷和暹罗藩属北大年驱逐的旧港王子拜里迷苏剌（拜里米苏拉）率追随者到马六甲河的河口定居，建立了马六甲苏丹王朝。 ^[11-13]   满剌加作为港口开始发展，两年后人口增加到2000人。 ^[14]  当时满剌加服属于暹罗，岁输金40两为贡赋。 ^[15] 

马六甲王国一直保持着同中国明王朝的密切交往。仅《明史》记载，马六甲遣使来中国共达22次。明王朝也不断派遣使者到马六甲王国，郑和7下西洋期间，曾5次到达马六甲王国。 ^[16-19]    1403年，明朝中官尹庆到达满剌加，拜里迷苏剌即于永乐三年（1405年）遣使向明朝朝贡，并上表称：“愿内附，为属郡”，明成祖封为满剌加国王，满剌加遂开始摆脱暹罗的控制而独立。 ^[20-21]  在明朝的扶持和保护下，满剌加从此迅速兴起，吸引了来自东西方各国的商人，一跃成为东南亚最重要的国际贸易中心和一等强国。 ^[22-26]     

马六甲建国后数年内，正式采行伊斯兰教，其国王称号由拉者改为苏丹。 ^[27]  马六甲王国在与泰王国争霸中，册封了原臣服于泰人的吉打、北大年、彭亨等马来半岛北部诸国皈依伊斯兰教的君主为苏丹。 ^[28]  1511年葡萄牙人占领马六甲后，伊斯兰教在马来亚地区的影响非但没有被摧毁，反而随着马六甲王国苏丹后裔和穆斯林商人的分散而扩大了。文莱苏丹、柔佛苏丹和霹雳苏丹都认为自己是马六甲王国的继承人，并且遵循伊斯兰教的模式建立起王权统治。 ^[29] 

虽然马六甲苏丹王朝只维持一个多世纪，但它被看作是马来人自主统治的一个黄金时代，马六甲苏丹成为所有后继的马来统治者的榜样。马六甲成为马来文化的中心，它奠定了今天马来文化的基础：马来土著文化与外来的印度、华人和伊斯兰元素的融合。马六甲风格的文学、艺术、音乐、舞蹈、衣着，及其宫廷人士的华丽衔头，成为所有马来人的标准。马六甲宫廷对马来语赋予极高声望，这个语言最初是在苏门达腊形成的，在马六甲建国时带到此地。它成为所有马来国家的官方语言，即使许多地区依然保有地方语言。

奥斯曼帝国阻断了欧洲与亚洲之间的陆路贸易路线，而且与印度及东南亚的贸易受到阿拉伯商人所垄断，迫使欧洲国家寻找一条通向印度的海路。1509年9月11日，塞奎拉抵达满剌加，与满剌加人之间发生了冲突，其中有19人被俘，塞奎拉率船队逃去。 ^[30]  1511年5月，阿方索·迪·阿不奎带领远征舰队来到马来亚，经过一个月围攻，于同年7月1日占领了马六甲，随即构筑坚固的要塞，组成殖民政府。 ^[31]  马六甲成为葡萄牙在东方活动的核心据点。 ^[32] 

马六甲苏丹王朝最后一位苏丹的儿子逃到马来半岛南端的民丹岛，并在那里建立了一个新的国家，柔佛苏丹王朝。 ^[33]  马六甲的统治消失后，马来群岛分裂为众多互相争战不停的小国家，其中最重要的有亚齐、文莱、柔佛和霹雳。其它国家有万丹、日惹、吉打、雪兰莪、苏禄和登嘉楼等。 ^[34]  16世纪末，欧洲商人在马来亚北部发现了锡矿，透过锡的出口，霹雳变得富强起来。欧洲殖民势力继续在这个区域扩张。1586年至1587年间，柔佛主动出击，挑战葡萄牙势力。

1607年，亚齐苏丹国兴起，成为马来群岛最强盛富裕的国家。在伊斯干达．穆达统治下，控制的范围延伸到苏门达腊与马来半岛的大部分地区，征服马来半岛的锡矿产地彭亨，并将彭亨苏丹掳往亚齐。1629年，亚齐苏丹国舰队在攻打马六甲的战役中瓦解，同一年亚齐征服了吉打并把许多吉打人民迁到亚齐。亚齐在17世纪下半叶-或17世纪的前40年成为统领这个区域的主要力量。 ^[35] 

在17世纪初，荷兰建立了荷兰东印度公司，建立在摩鹿加群岛的贸易，随后占据了爪哇岛上的苏丹国，1619年建立巴达维亚，随后从巴达维亚扩展势力到马来群岛，与柔佛结盟来对付他们的主要敌人：马六甲的葡萄牙人和强大的亚齐苏丹国。 ^[36]  1641年，在数次尝试后，荷兰与柔佛的联军攻占马六甲，终结了葡萄牙统治，葡萄牙仅剩下葡属帝汶。随后，荷兰东印度公司就开始部署垄断马来半岛的锡矿产量。在荷兰支持下，柔佛在马来亚各个苏丹国之间，获得一个松散的霸权地位，霹雳周旋于柔佛和暹罗之间，并保持其独立。

这段期间，马来亚各苏丹国的虚弱，为从其它地区人民移入这些马来故土创造了条件。从印度尼西亚东部来的布吉人海盗经常袭击马来亚海岸地区。1699年，刺杀了柔佛最后一位马六甲血统的苏丹，控制了柔佛，其他布吉人控制了雪兰莪。从苏门达腊来的米南加保人也迁入马来亚，建立森美兰。柔佛的覆灭在马来半岛上留下了一个权力真空。暹罗的大城王国部分填补了这个空缺，将北部的五个马来国家-吉打、吉兰丹、北大年、玻璃市和登嘉楼变成自己的属国。柔佛覆灭也让霹雳成为马来亚苏丹国之中的领导者。

从17世纪开始，英国商人就现身于马来亚水域，1619年7月，英荷在伦敦共同缔结《英荷防御同盟条约》。 ^[37]  以英属印度为基地的英国东印度公司于1786年8月向吉打苏丹租借了槟城（槟榔屿）。占领印度之后，英国开始以其丰富的资源为后盾，逐步向东南亚的海峡地区扩张。1791年，迫使吉打签订割让该岛的条约。此后英国又在槟城对岸的大陆上租借了一大片土地（称为威省）。1795年在拿破仑战争期间，英国占领了荷属马六甲，1818年才交还荷兰。英国总督斯坦福·莱佛士寻找一个替代基地。1819年2月，从柔佛苏丹手中获得了新加坡。1824年荷伦条约签订后，荷人同意以马六甲跟英国人交给换苏门答腊的明古连岛。 ^[38-39]  随着马来亚畏惧暹罗扩张，英国影响与日俱增。19世纪，马来苏丹成为大英帝国盟友。 ^{[32]  [40-43]     [44]} 

18世纪马来亚对欧洲的经济重要性快速成长。尤其英国与中国之间的茶贸易，增加了对马来亚的高质量的锡的需求，锡矿和金矿及其附属工业的发展，导致了第一批外来移民涌入马来人的世界，一开始是阿拉伯人和印度人，后来则是华人。华人定居在城镇并很快掌控了经济活动。这建立了往后200年马来亚社会的典型模式：乡居的马来人逐渐受到富裕的城镇移民社群所控制。胡椒是主要的农产品，由于英国势力在马来半岛进一步扩张，海峡殖民地与半岛内陆腹地的交易开始得到发展。 ^[45] 

1824年英国与荷兰签署英荷条约，最终确立了英国对马来亚的霸权，同时也决定了当代马来西亚的雏形。荷兰撤出马六甲并放弃所有在马来亚的利益，而英国则承认荷兰对东印度剩余地区的利益。这个瓜分在马来亚地区划了一条人为界限，这条界线遗留至今。直至第二次世界大战爆发前，英国并没有在马来半岛建立起统一的政治制度，而是分而治之。 ^[46] 

1910年，英国对马来群岛领土的统治模式成形。为了满足经济的需要，英国大量引入华人和印度人的劳动者，以满足在马来半岛和婆罗洲所产生的殖民地经济需求，间接对马来民族的经济和职业上的支配势力造成威胁。在1921年时，马来亚南印度人占其人口总数的94%。 ^[47-48]  

1826年，英国把槟城、马六甲、新加坡与纳闽联合组成了海峡殖民地。

海峡殖民地最初由位于加尔各答的东印度公司所管理，其后槟城与新加坡先后成为这个殖民地行政中心。1867年，其行政权由印度总督移交给伦敦的殖民地事务大臣管理。

1876年英国殖民者从巴西引进橡胶树进行种植。1876年英国殖民者从巴西引进橡胶树进行种植。 ^[49]  1909年2月，暹罗同意将吉打、吉兰丹、玻璃市和登嘉楼让给英国。 ^[50]  1914年，苏丹阿布·巴卡尔的继承人苏丹Ibrahim才接纳一位英国代办。先前属于泰国的4个州以及柔佛合称马来属邦。

英国对海峡殖民地实行直接统治，传统的政治结构基本废除，代之以新的形式:由总督掌握最高权力，另设行政会议和立法会议作为总督的咨询机构。 ^[46] 

1896年7月5日，彭亨、雪兰莪、霹雳与森美兰合组为马来联邦，接受英国保护（四州府），实际上属于英国控制范围。 ^[51-52]  在联邦成立之前，一些邦已经引进代议制的模式。1877年9月11日，霹雳邦成立参议会，这是除海峡殖民地外，马来各邦中第一个立法机构。 ^[53]  邦参议会主席由苏丹担任，成员包括驻扎官、主要的马来酋长和两三名华人巨商。其主要工作是立法方面的，所有土邦立法由它通过。 ^[54] 

1896年，马来联邦成立后，权力集中在以英国总驻扎官（1911年以后改为首席部长）为首的联邦政府手中，总驻扎官从属于马来联邦高级专员（由海峡殖民地总督兼任），高级专员负责与英国殖民部沟通、联系。此外，马来联邦还设统治者会议、驻扎官会议、联邦参议会（后改为联邦议会）。统治者会议于1897年举行。联邦参议会为立法机构，于1909年成立，由高级专员主持。 ^[55]  非官方议员由高级专员提名，经英王批准后任命。联邦参议会也注意到不同族裔代表的分配，到1927年，在8名非官方议员中5名是欧洲人，2名是华人，1名是马来酋长。1927年，联邦参议会改组为联邦议会。 ^[56]  每个邦平均有一个相对独立的政府，由苏丹、英国驻扎官和顾问及一个邦的参议会组成。不过，在联邦体制上，各邦向联邦政府交出了大部分实权，包括税收权、财政权。苏丹的权力大受削弱。 ^[57-58]  参议会改组后，马来统治者退出，但后来议会通过的每个法案都须经过4个统治者分别签署才能生效。

马来属邦是对马来半岛其余未参加联邦的各邦之统称，包括吉兰丹、吉打、丁加奴、柔佛、玻璃市5个邦（五州府）。其中吉兰丹、吉打、丁加奴、璃璃市是根据1909年《英暹条约》改归英属马来亚管辖的。属邦各邦在行政上各自为政，比联邦各邦保留了较多的实权。属邦各邦的政治体制也保留了较多传统的形式和内容，但也受到了时代的影响，新的形式也出现了。柔佛邦于1895年颁布了一部由英国律师起草的成文宪法。按宪法规定，成立部长会议作为苏丹的咨询机构，其成员必须是穆斯林;还设立邦参议会作为立法机构，其成员限于柔佛臣民，但宗教信仰不限。后又增设行政会议。这部宪法为马来西亚历史上第一部成文宪法。直到二战前也只有柔佛和丁加奴这两个属邦拥有成文宪法。属邦还须接受英国的顾问帮助管理政务，类似于驻扎官制度，名为顾问，实际上可以左右苏丹。

19世纪后半部，英国获得了对荷兰从未立足的婆罗洲北岸的控制。东部（沙巴）则由受西班牙属菲律宾控制的苏禄苏丹的名义统治。其余部分则是文莱苏丹统治地。1841年，英国探险家詹姆士·布鲁克从文莱苏丹手中租借了古晋，并称自己为砂拉越的“白色拉者”。此后他不断从文莱手上取得领土。婆罗洲东北部被英国商人殖民。1881年，英国北婆罗洲公司被允许控制这块地区，受新加坡总督监督。西属菲律宾从未承认苏禄苏丹对这些领土的丧失，这是后来菲律宾宣称拥有沙巴主权的理由。1888年文莱成为英国保护国，1891年英国再与荷兰签订条约，确定两国在婆罗洲的边界。1903年4月22日，英国和苏禄苏丹贾马鲁尔·基拉姆签署《确认割让岛屿契约》或者称为《确认契约》。 ^[59] 

1941年12月太平洋战争爆发，虽然英国、澳大利亚和印度军队顽强抵抗，但日本在两个月内就占据了马来亚。1942年2月15日，新加坡投降。这是英国无法弥补的声誉损失。英属北婆罗洲、砂拉越和文莱也被日本所占领。

日本人将马来人看作是一群从英国殖民统治被解放的殖民人群，并且树立了有限的马来民族主义，这使得日本人在马来管理机构和知识分子中赢得一定程度的支持。大多数苏丹也主动与日本人合作，虽然日本后来战败。日本为了配合大东亚共荣圈的政策，答应战后让马来亚独立，并且协助训练马来人成立武装部队与政府部门菁英。

第二次世界大战期间，以马来亚华侨为主体所建立的“马来亚人民抗日军”，是马来亚地区最重要的武装力量。第二次世界大战结束后，殖民地自治和最终独立成为英国新政策。横扫亚洲各地的殖民地民族主义浪潮很快到了马来亚。在二战最后一年，马来亚共产党与马来人为首的部队发生冲突，战后回到马来亚的英国人，因担心共产党势力的扩大，最终将马共列为非法政党，马共在发现和平的争取方式无效后，决定改以武力斗争争取。

1946年，英国宣布了一个组织马来亚联邦的计划，将原先属于马来联邦和马来属邦的苏丹国，加上槟城和马六甲（但不包括新加坡）合组一个英国海外领地，并在数年后独立，但遭到马来人强力反对。 ^[60-62]   同年3月，在柔佛首席部长奥恩·加法尔的领导下，马来人组织成立了巫人联合统一机构。巫统支持马来亚独立，条件是这个新国家完全由马来人掌管。 ^[63-64]  面临马来人的反对，英国放弃了平等公民权的计划。 ^[65-66]  马来亚联邦在1946年6月宣布成立，在1948年解散。代之以在1948年2月1日协议成立马来亚联合邦。 ^{[46]  [67-68]}  

与此同时，共产党则在积极准备暴动。1945年12月抗日游击队解散，马来亚共产党成为一个合法政党，但游击队武器却被谨慎收藏起来，以备未来之用。马共的政策是立刻独立，并且所有民族平等。这意味着它极难招募到马来人党员，主要支持者来自华人主导的商会，尤其在新加坡；以及华人学校，其中的教师大多来自中国，将中国共产党看作中华民族重生的领导者。1947年3月，随着冷战的开始和共产国际的左倾，马来亚共产党的总书记莱特被杀，原游击队首领陈平任总书记，陈平要求共产党立刻行动。共产党发动游击队行动，期望迫使英国势力撤离马来亚。7月，在一连串庄园主遭到暗杀后，英国殖民政府展开反击，宣布进入紧急状态，马来亚共产党被禁，数百战士被捕。共产党退入森林，组织了马来亚人民解放军，这支军队约有13000名男性，其中第十支队主要由马来人组成。

1948年-1960年，英国开始实行马来亚紧急状态，镇压马来亚共产党，驱逐华侨华人回国。 ^[69]  英国通过对华人做出经济和政治的让步，并将散居乡间的华人集中到位于马共势力范围外的“白区”的“新村”。动员马来人来对抗马来亚共产党从1949年起，马共失去抗争动机，招募游击队人数锐减。1951年马来亚共产党谋杀了英国高级专员亨利·葛尼，但是这种转向“恐怖份子”的策略，使得马来亚共产党失去了许多温和派的华人支持。1952年杰拉尔德·邓普勒被任命为马来亚英军指挥官，邓普勒在马来亚发明了反游击战的战术，虽然游击队被击溃，但英国军队因着冷战背景而留下来。依靠这个背景，英联邦一员的马来亚于1957年8月31日独立。

1955年和1956年，巫统、马华公会、印度人国大党和英国共同制定一部宪法草案，承认所有民族享受平等的公民权。 ^[70]  1957年8月31日，东古阿卜杜勒·拉赫曼成为独立的马来亚的第一位总理。

马来亚独立后，这个区域还有其它英国领地的前途悬而未决。日本投降后，布鲁克家族和英国北婆罗洲公司分别放弃了对砂拉越和沙巴的控制，成为英国皇家殖民地。以华人占多数的新加坡于1955年获得自主权，1959年李光耀成为新加坡首席部长。盛产石油的文莱苏丹国依然是英国附属。1959年与1962年之间，英国政府召集了多次复杂的谈判，在这些当地领导人与马来亚政府之间进行协商。

1961年，东古阿卜杜勒·拉赫曼赞成建立“马来西亚”的构想，马来西亚将包括曾是英国海外领地的文莱、马来亚、沙巴、砂拉越和新加坡。 ^[71] 

虽然新加坡首席部长李光耀支持这个建议，但他在新加坡社会主义阵线的党内反对者反对这个计划，认为这是英国打算继续控制这个区域的计谋。砂拉越大多数政党也反对这个计划，沙巴没有政党，但是当地社团代表也表示反对。文莱苏丹支持这个计划，但是文莱人民党反对。在1961年的英联邦首席部长联合会议，东古阿卜杜勒·拉赫曼向他的反对者进一步阐述这个计划。10月，英国政府批准这个计划，条件是必须取得参与这项合并计划的地区同意。葛波率领葛波委员会前往婆罗洲研究当地居民意见，认为沙巴和砂拉越同意合并，但在文莱则有许多人反对。在新加坡的公民投票中70%的人赞成合并，条件是新加坡政府获得实质的自主权。文莱苏丹退出这项参组马来西亚的计划，这是由于来自多数人民的反对、关于石油利润分配比例的争执，以及关于合并后苏丹的地位等等因素。此外，文莱的人民党发动武装革命，虽然立刻遭到敉平，但被视为这个新国家潜在的不稳定因素。

英国政府讨论葛波委员会的报告后，又设立Landsdowne委员会来起草马来西亚宪法的草稿。最后出炉的新宪法草案与1957年的马来亚宪法基本上相同，只做了少部分修改。例如，原先对于马来人特殊地位的认定，扩及到砂拉越与沙巴的所有土著。新加坡、砂拉越与沙巴这三个新加入的国，也被赋予某些自主权，这是原先的九个马来亚州署所没有的，因为新加坡、砂拉越与沙巴是以国的地位与马来亚联邦共同组成马来西亚联邦。1963年7月的谈判结束后，决定马来西亚联邦将于1963年8月31日正式成立，这天恰好是马来亚独立以及英国赋予新加坡和沙巴自治权的纪念日。然而，菲律宾和印度尼西亚强烈反对这个事态发展，印度尼西亚称马来西亚为新殖民主义的代表，而菲律宾则强调沙巴是她的领土。 ^[72-75]    印尼总统苏加诺在印度尼西亚共产党的支持下提出反对，而且砂拉越人民联合党发动了多次抗争行动，延迟了马来西亚的成立。 ^[76]  基于这些因素，联合国组成一个八人代表团造访砂拉越与沙巴，确认他们参组马来西亚的意愿。

马来西亚正式于1963年9月16日成立，由马来亚、沙巴、砂拉越与新加坡共同组成。当年的马来西亚人口约一千万人。

在马来亚独立时，具备着很好的经济优点。它是世界上三个重要商品（橡胶、锡和棕榈油）最重要的出产国之一，也是重要的铁矿石出产国。这些出口工业给马来亚政府提供了稳定可靠的盈余，可用来投资于工业发展和基础建设项目。虽然巫统不是一个社会主义党派，但如同其它发展中国家，马来亚于1950和1960年代非常看重国家计划，首两个五年计划（1956年至1960年和1961年至1965年）通过国家对工业的投资，来促进经济发展，以及修复在战争和紧急状态时期被破坏和被忽视的基础设施，如公路和港口。政府试图减少马来亚对商品出口的依赖，因为这会使国家经济受到浮动的市场价格所牵动。马来亚政府也意识到，随着合成橡胶的生产和使用的普及，对天然橡胶的需求注定会滑落。由于有三分之一的马来人劳动力从事橡胶工业工作，发展其它类型的就业来源变得非常重要。为了让马来西亚出产的橡胶具有竞争力，意味着橡胶工业的获利能力的增加，越来越依赖维持低工资，这又保持了农村马来人的贫困状态。

1957年马来亚独立时，马来人口占55%，华人35%，印度人10%。这个等式在新加坡加入马来西亚时打破，华人的比率增加到将近40%。巫统和马华公会均害怕李光耀的新加坡人民行动党对马来亚选民的吸引力，他们试图在新加坡组织政党以挑战李光耀的地位。即使李光耀先前承诺人民行动党不会参加1964年的马来西亚大选，但面临这种挑战，他转而威胁将派出候选人参加马来亚联邦大选。为此东古阿卜杜勒·拉赫曼要求新加坡退出马来西亚。1965年8月9日，新加坡宣告独立。.

1959年，这在华人公会内部导致了一场危机。马华公会的首领林苍祐决定反对巫统的教育政策。但在东古阿卜杜勒·拉赫曼威胁让两党联盟破裂后，马华公会又被迫让步。

1961年，马来西亚通过教育法，中学只使用马来语和英语为媒介语，而在政府小学只以马来语为媒介语。虽然华人和印度人社群可以保持他们的华文小学和淡米尔文小学，但学生必须学马来语，而且必须公认的马来课程。这使得华人学生被排除在外。同时，马来文学校获得政府大笔资金津贴，马来人获得绝对优待。马华公会在教育政策上的挫败，减弱了华人社会对巫统的支持。

1969年，“五·一三事件”以后马来西亚联邦政府所制定和实施的重大政策，比如“新经济政策”和“新文化政策”都采取了偏向马来人的做法。“新经济政策”通过创办国有企业来帮助马来人积累财富，通过立法和行政规定来限制非马来人资本的扩张。 ^[77]  “新文化政策”则突出全国的文化必须建立在马来文化的基础上，并据此压制华文教育等非马来人文化的发展。 ^[78]  随后，伊斯兰复兴运动在马来西亚蓬勃发展，并成为影响政治进程的重要力量。 ^[79] 

1971年，正式提出并加以实施新经济政策。新经济政策的实施收到了一定的效果，据马来西亚政府公布的数字，马来西亚国内生产总值在70年代的年均增长率为7.8%。马来西亚经济在经历了70年代的高速增长后，进入80年代，便出现了减速增长的势头，80年代前期的年均增长率仅5.2%，贫困率又一度回升，1983年达到30.3%。80年代中期，马哈蒂尔对新经济政策作了某些调整，放宽了对投资、外贸、金融等领域的管制和限制，积极推进经济自由化。实行经济私营化。积极吸引外资。从1986年开始，马来西亚转而采取积极吸引外资投资的政策。同年10月，政府大幅度地修订有关的投资法案，放宽了对外资的限制。重视制造业的发展，1981年开始侧重发展重化工业，1990年，马来西亚制造业的产值占国内生产值的比重已达27%。重视农业的发展，1984年制定了全国农业政策。实行对外开放政策。 ^[80] 

从1987年起，马来西亚经济开始迅速增长，1988年到1990年，其增长率分别为9.9%、8.8%和9.8%。进入90年代后，1991一1993年均增长8.1%，其中制造业、建筑业各增长12.3%，农业2.4%，均超指标。人均收人由1990年的6238马元（2437美元），增到1993年的8350马元（3262美元）。1992年对外贸易总额为821亿美元，是关贸组织的第16大贸易国。同年，马来西亚由债务国变为债权国，外汇储备超过20亿美元。在1987年，制造业在国内生产总值中比重首次超过农业，后又由1990年的占26.9%上升到1993年的30.1%。1991一1993年间，制成品出口年增长率达2.1%。1993年，制成品在总出口中的比重已达71%。随着经济发展和人均收人的不断增加，马来西亚的贫困率已从1984年的18.4%下降到1990年的17.1%，1993年又降为13.5%。

同时，马哈蒂尔的执政方式被批评者指责趋向于专制，特别是在经历了1985年司法危机及1987年茅草行动之后。然而，另一边厢，马哈蒂尔政府在尝试将马来西亚打造成区域教育中心的同时，教育及语言政策趋向于宽松与开放，包括让英语成为许多公立及私立大专院校的教学语言，以及让华文教育组织建立南方学院、新纪元学院及韩江学院。但是，执政晚期所推行中小学英文教数理政策及白小事件等则饱受母语教育推行者诟病。

在1990年代晚期，马来西亚受到亚洲金融危机以及副总理安瓦尔去职所导致的政治不安所撼动。在1997年，由于政府内部的意见分歧，导致副总理安瓦尔遭到撤职与逮捕。在安瓦尔事件中，法庭中错综复杂的纠葛关系，特别被看作民主宪政受侵蚀的表现。安瓦尔的妻子万·阿齐扎组织了一个新政党人民公正党。在1999年的大选中，人民公正党、民主行动党和回教党组成了一个替代阵线（后来的人民联盟）。其结果是回教党从巫统手中赢得许多马来议席，但许多华人选民反对这个与回教党的不正常结盟，使得民主行动党对马华公会失去了许多议席，甚至连民主行动党的领导人林吉祥也落选。万·阿齐扎赢得了安瓦尔原先在槟城的选区议席。

2003年，马来西亚在位最久的总理马哈迪医生宣布退休，由副总理阿卜杜拉·巴达维接任。